Questão 47: Divisão celular
Questão 50: Tipos sanguíneos
Questão 52: Bases nitrogenadas
Questão 54: Magnificação trófica
Questão 55: Malária
Questão 58: Antibióticos
Questão 61: Eletrocardiograma
Questão 62: Leguminosas
Questão 68: Organelas
Questão 70: Biomas
A segunda aplicação do Enem 2016 teve questões sobre divisão celular, focando nas organelas e estruturas que participal do processo. Organelas e ácidos nucleicos também foram outros assuntos relacionados a bioquímica que apareceram na prova. A genética esteve presente em uma questão sobre sistemas sanguíneos e fator Rh, cobrando conhecimento de probabilidade e herediariedade.
Para resolver as questões sobre doenças e sistemas de saúde, foi necessário saber usar a interpretação para resolver uma questão sobre eletrocardiograma, e também saber sobre ação de antibióticos e sobre o ciclo da malária.
Em relação as questões de ecologia, observamos conteúdo de magnificação trófica (acúmulo de compostos não biodegradáveis ao longo da cadeia alimentar), ciclo do nitrogênio e a relação da nutrição do solo com leguminosas e também sobre o bioma Cerrado.